Использование магнитов для облегчения боли или предотвращения любого заболевания относится к глубокой древности. Первые практические магниты были изготовлены в Китае и они были железными. А первые указания по использованию магнитов в медицине относятся к 2000 г. до Рождества Христова. В это время их пытались использовать для лечения ревматизма и фертильности (способности к оплодотворению). Были найдены древние (500 лет до н.э.) тексты китайской медицины, в которых говорилось об использовании магнитов для борьбы с болью и как седативные средства. Также китайские медики использовали магниты для лечения отитов. Магниты также рекомендовались для дезинфекции ран, для борьбы с облысением и при отравлениях. Китайские врачи прикладывали магнитные камни к определенным точкам на теле пациента с лечебными целями.
В Греции мужчины и женщины носили намагниченные украшения для облегчения боли в суставах (аналог магнитотерапии при артрозе). Магнитные камни использовали для борьбы с артритом. Египетская царица Клеопатра постоянно носила на теле магнитный амулет, считая, что это поможет сохранить молодость и красоту.
Первым европейцем, который отметил лечебные свойства магнитов, был швейцарский алхимик и врач Парацельс (1493-1541).
Родившийся в 18 веке доктор гипноза и психоанализа Франц Антон Месмер (1734-1815) создал учение о «животном магнетизме». Месмер проводил сеансы групповой терапии в салоне по исцелению магнитами в Париже. В этот период имя Месмера прославилось. Он полагал, что может намагнитить все (бумагу, дерево, кожу, воду), а также организмы своих пациентов, считая, что магнетизм присущ любому живому организму, поскольку во время сеансов многие пациенты крайне бурно реагировали на действие магнитов, вплоть до истерики. Успех Месмера в Париже был столь велик, что в 1784 году король Людовик XVI создал специальную комиссию, которая должна была оценить реальность теории «животного магнетизма». В комиссию входили как члены Академии наук, так и члены Королевского медицинского общества. В том числе членами комиссии были Антуан Лавуазье и Бенджамин Франклин.
В это же время американский врач Элиша Перкинс (1741-1799) применял магниты для лечения различных заболеваний у людей и животных. Прикладывая магниты на травмированную область на несколько минут, он якобы помогал их организму очиститься от вредной «электрической жидкости».
В 1890-х годах всерьез занялся магнитотерапией Даниэл Дэвид Палмер (1845-1913). Палмер открыл собственную клинику в Давенпорте, штат Айова, где достиг немалых успехов в лечении магнитами различных заболеваний. Впоследствии на этой основе он создал направление хиропрактики. У Палмера было огромное число единомышленников и последователей.
В 19 веке начинается торговля магнитами для лечебных целей. Еще один поворот магнитотерапия совершила в ХХ веке, когда ученые и инженеры разработали более мощные магниты. В частности, мощные магниты были разработаны Эдисоном и Беллом. Такие магниты впоследствии были использованы русскими во время Второй мировой войны для облегчения фантомных болей после ампутации конечностей.
Крайне интересно наблюдение, полученное уже в эпоху космических исследований. Было обнаружено, что космонавты, которые во время полета долгое время не подвергаются влиянию магнитного поля Земли, заболевали остеопорозом и входили в состояние глубокой депрессии. В этой связи совсем недавно NASA оснастила свои космические корабли генераторами магнитного поля.
В настоящее время методы магнитотерапии (постоянное и импульсное магнитное поле) все шире применяют в медицинской практике во всем мире.